小老鼠们向来头脑简单，运动神经发达，脖子上随时挂著一双球鞋，体能保持在随时可以落跑的颠峰状态。它们也真的在一发现乳酪吃完的清晨，二话不说套上球鞋就跑得不见鼠踪，出发寻找下一座乳酪山去了。
两位小矮人反应迟钝，偏偏自恃聪明，有追根究底的毛病，凡事都喜欢理出个头绪来。乳酪消失后，两人坚持留在原地查出食物不翼而飞的原因，不愿像他们的老鼠朋友夹著尾巴跑得比飞还快。
是谁搬走了我的乳酪？
两个小矮人不断自问，不断地在原地打转到处找，日复一日，不断的因为乳酪不见而焦虑忧郁躁郁。
终于有一天，其中一个饿得受不了，决定在平白饿死之前学习老鼠朋友的落跑精神，走出这个已经住得太安稳的区域，独自踏上茫然未知的寻找乳酪之旅。